DKTK Serviceeinheiten: Genomics

DKTK Cancer Genomics Core Unit Frankfurt

Um den rasanten Entwicklungen im Bereich Tumorgenetik und Next-Generation Sequencing (NGS) Rechnung zu tragen, wurde 2015 am DKTK Standort Frankfurt/Mainz die DKTK Cancer Genomics Core Unit etabliert. Die Einheit ist mit einem Illumina MiSeq-Sequenziergerät ausgestattet und räumlich der der Medizinische Klinik II, Abteilung für Hämatologie/Onkologie des Universitätsklinikums Frankfurt zugeordnet.

Derzeit werden die folgenden Methoden/Techniken angeboten:

• Zielgerichtete Sequenzierung von Tumorproben (targeted/amplicon sequencing)
• Qualitätskontrolle von NGS-Bibliotheken (z.B. vor Sequenzierung auf HiSeq-Sequenziergeräten)-
• Zielgerichtete Sequenzierung von Tumorproben (targeted/amplicon sequencing)
• Auswertung von genetischen Screens 

Größere Sequenzierprojekte einschließlich Exomsequenzierung, Vollgenomsequenzierung und RNA-Sequenzierung können in Zusammenarbeit mit der Genomics & Proteomics  Serviceeinheit am DKFZ umgesetzt werden.

Next Generation Sequenzierung: 4C-Unit für personalisierte Medizin (4C-PMU) Berlin

Die 4C-PMU ist eine gemeinsame Initiative von Charité Comprehensive Cancer Centers (CCCC), DKTK, Labor für Molekulare Tumorpathologie (MTP) und der Molekularen Tumorpathologie des Instituts für Pathologie. Mit zwei Ion Torrent Systemen (PGM), einem Ion Chef (Abb. 1) und einem Illumina MiSeq System verfügt die Unit über neueste Technologie mit hoher Sequenzierkapazität für flexible Genpanels und tiefe Sequenzabdeckung bei heterogenen Proben. Der Schwerpunkt liegt im Rahmen der Bearbeitung translationaler Forschungsthemen auf tumorentitätsspezifischen amplikonbasierten Genepanel Analysen für Darmkrebs, Kopf-Hals -Karzinome, Lymphome, neuroendokrine Karzinome, Brustkrebs und Leukämien. Panels für Eierstockkrebs, pädiatrische Tumoren und Melanome sind in der Entwicklung. Für die Validierung der DKTK (Amplikon) NGS Daten stehen zwei Droplet Digital PCR - Systeme und zwei StepOnePlus Real-Time PCR-Systeme zur Verfügung. Gegenwärtig wird Tumor DNA aus Gewebe und Zellkulturen analysiert, zukünftig ist die Analyse von Flüssigbiopsien geplant. Die 4C-PMU ermöglicht auf Anfrage die Analyse von Tumorproben innerhalb klinischer Studien des CCCCs.

Die bioinformatischen Datenanalyse wird dezentral in den jeweiligen DKTK Gruppen, unterstützt durch die Arbeitsgruppe Computational Modelling in Medicie (Integratives Forschungsinstitut für Lebenswissenschaften IRI, Humboldt Universität zu Berlin) und die Bioinformatik Unit (CUBI) des Berliner Instituts für Gesundheitsforschung (BIG), durchgeführt.

Scientific Core Facilities and Services Heidelberg

Wissenschaftler:innen am DKFZ und an den Partnerstandorten können für ihre Forschungsprojekte auf ein breites Portfolio an Forschungsinfrastrukturen zurückgreifen. Dazu gehören experimentelle Kerneinrichtungen, Datenmanagement und IT-Dienste. Core Facilities sind zentralisierte Labore, die je nach Technologie als Nutzerlabor oder als Full-Service-Einheit oder beides betrieben werden. Sie bieten Zugang zu High-End-Instrumenten, beraten die Nutzer:innen wissenschaftlich und technisch und befassen sich mit Methodenentwicklung und technologieorientierter Forschung. Die Datenmanagement- und IT-Services decken den Bedarf an IT-Infrastruktur des DKFZ ab und stellen darüber hinaus Software-Tools für die Organisation und den richtigen Umgang mit Forschungsdaten zur Verfügung.

Nachfolgend sind die DKFZ Core Facilities nach ihren Fachgebieten aufgeführt.

Genome, Transcriptome & Epigenome
Next Generation Sequencing (S. Wolf)
Microarray (M. Bewerunge-Hudler)
Single Cell OpenLab (J.-P. Mallm)

Proteome
Proteomics (D. Helm)
Single Cell OpenLab (J.-P. Mallm)
Microarray (M. Bewerunge-Hudler)
Antibodies (I. Hofmann)

Metabolome
Metabolomics (G. Poschet, with Heidelberg University)

Cellular and Preclinical Imaging
Light Microscopy (F. Bestvater)
Electron Microscopy (K. Richter)
Small Animal Imaging (M. Jugold)
Radiopharmaceuticals and Preclinical Trials (I. Kurth)

Cytometry and Screening
Flow Cytometry (S. Schmitt)
Chemical Biology (U.Uhrig, with EMBL)

Whole Tissue Analyses 
Light Microscopy (F. Bestvater)
Single Cell OpenLab (J.-P. Mallm)

Reagents ans Resources for Cancer Resarch
Antibodies (I. Hofmann)
Cellular Tools and Clone Repository (R. Will)
Radiopharmaceuticals and Preclinical Trials (I. Kurth)
Dieter Morszeck Biorepository (S. Röhling)

Animal Services
Center for Preclinical Research (K. Reifenberg)
Tumor Models (N.N.)
Microbiological Diagnostics (K. Schmidt)
Transgenic Service (F. van der Hoeven / B. Armstrong)

Research Data Management 
Omics-IT and Data Management (I. Buchhalter)
OMERO@DKFZ (internal link)

Library & IT Services
Information Technology (C. Galuschka)
Central Library (D. Sitek)