Core Facilities München

Proteomics Facility

© Bernhard Küster/ Technische Universität München

© Bernhard Küster/ Technische Universität München

Die Core Facility Proteomics am DKTK Standort München verfügt über fünf moderne Massenspektrometer, mehrere Flüssigchromatographiesysteme und leistungsstarke IT Infrastruktur.

Die von der Facility unterstützten Anwendungen beinhalten quantitative Proteinexpressionprofile von humanen und tierischen Geweben, Tumoren, Zelllinien und Körperflüssigkeiten sowie die dynamische Analyse von post-translationalen Proteinmodifikationen, Proteininteraktionen, Identifizierung von Wirkstofftargets, des Wirkmechanismus von Medikamenten und viele weitere. Wir können sowohl breite als auch zielgerichtete qualitative und quantitative Analysen anbieten, die auf multidimensionaler Chromatographie in Verbindung mit Orbitraptechnologie basieren. Alle wichtigen Quantifizierungsmethoden sind in der Facility etabliert, inklusive SILAC, TMT und eine Reihe von Label-freien Techniken. Wir arbeiten typischerweise auf der Basis wissenschaftlicher Kooperationen bei denen wir unsere Expertise entlang des gesamten Projektes einbringen; vom experimentellen Design, über die Durchführung bis hin zur bioinformatischen Auswertung.

Kontakt

Prof. Dr. Bernhard Küster
Lehrstuhl für Proteomik und Bioanalytik Technische Universität München
Emil Erlenmeyer Forum 5
85354 Freising
kuster(at)tum.de

Leukämie Genomik

© angellodeco / Fotolia.com

© angellodeco / Fotolia.com

Die genetische Charakterisierung ist ein zentraler Baustein für die Diagnostik, für die Wahl der Behandlung und für die Prognose bei Patienten mit Leukämie. In enger Zusammenarbeit mit Partner im DKTK und am Standort in München unterstützt die Leukämie Genomik DKTK-Wissenschaftler, die Biologie und Pathogenese der Leukämie zu untersuchen.

Ziel ist es, innovative Techniken zur Diagnose der Krankheit Leukämie zu entwickeln. An der Medizinischen Klinik und Poliklinik III der Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU) bietet die enge Abstimmung zwischen den klinischen und translationalen Forschungsgruppen eine ideale Grundlage dafür. Hier kann auf eine große Anzahl von ausführlich dokumentierten Patientenproben zugreifen, welche durch das Routine-Labor erfasst wird (Labor für Leukämiediagnostik).
MiSeq: DNA-Sequenzierer © AG Spiekermann

MiSeq: DNA-Sequenzierer © AG Spiekermann

Die Core Facility kann die folgende Leistungen für DKTK-assoziierte Gruppen anbieten:

Genetische Charakterisierung von humanen Gewebeproben (vor allem peripherem Blut und Knochenmark) mittels folgender Methoden (z.T. in Kooperation):

  • Metaphasebestimmung und molekulare Cytogenetik - Konventionelle Molekulargenetik (Sanger-Sequenzierung, Fragmentanalyse und qPCR, verschiedene Assays zur Bestimmung rekurrenter Mutationen in hämatopoietschen Neoplasien)
  • 'Targeted next-generation sequencing' (etablierte Panels mit häufig vorkommenden mutierten Genen in myeloischen und lymphoiden Neoplasien)
  • Gesamt-Exom und Gesamt-Genom-Sequenzierungen - Einzel-Zell-Genotypisierung
Analyse rekurrenter Genmutationen in 664 AML-Patienten mittels ‘targeted sequencing’ ©  AG Metzeler

Analyse rekurrenter Genmutationen in 664 AML-Patienten mittels ‘targeted sequencing’ © AG Metzeler

Unser Fokus liegt auf den folgenden Gebieten:

  • Genetische Charakterisierung von myeloischen Neoplasien
  • Evaluation von neuen Markern zur Prognose von Leukämie-Erkrankungen
  • Neue therapeutische Ziele in Leukämien
  • Identifizierung von Markern für minimale Resterkrankungen (MRD / Minimal Residual Disease)
  • Erforschen der klonalen Evolution der Leukämie

Mitarbeiter: Prof. Dr. Karsten Spiekermann, PD Dr. Klaus Metzeler, PD Dr. Tobias Herold, PD Dr. Philipp Greif,  Dr. Sebastian Vosberg, Sebastian Tschuri

Kontakt

Prof. Dr. Karsten Spiekermann
LMU Klinikum
Marchioninistr. 15
81377 München
karsten.spiekermann(at)med.uni-muenchen.de

Xenograft Mausmodell für akute Leukämien

Die Core Facility “Xenograft Mausmodell für akute Leukämien” nutzt patientenspezifische Mausmodelle. Gentechnisch veränderte Zellen geben dabei Aufschluss über die Funktion molekularer Veränderungen bei Krebs und ermöglichen hochsensitive präklinische Therapiestudien sowie grundlegende Studien zur Krankheitsbiologie.

In vivo bioluminescence imaging (BLI) allows reliable and sensitive follow-up of preclinical treatment trials ©  AG Jeremias

In vivo bioluminescence imaging (BLI) allows reliable and sensitive follow-up of preclinical treatment trials © AG Jeremias

Folgende Techniken werden in der Serviceeinrichtung durchgeführt:

  • Xenotransplantation und Amplifikation primärer Leukämiezellen von Patienten mit ALL oder AML in NSG-Mäuse und Generierung sogenannter PDX-Zellen (engl.: “patient derived xenografted cells”)
  • Biobank von > 50 PDX-ALL und > 10 PDX-AML Proben für in vitro und in vivo-Analysen
  • Genetische Modifikation von PDX-Zellen (GEPDX) für Überexpression von Transgenen und Markern
  • Präklinische in vivo Therapieversuche, mithilfe von repetitiver Bildgebung
    • Quantifizierung des Therapieansprechens bereits vier Tage nach der ersten Behandlung
    • Darstellung sämtlicher klinisch relevanter Krankheitsstadien (u.a. minimale Resterkrankung)
    • Analyse klinisch relevanter Subpopulationen, wie z.B. ruhende (Stamm-)Zellen

Mehr Informationen zur Xenograft Core Facility München

Characteristics of AML PDX samples that were established within the first DKTK funding period © AG Jeremias

Characteristics of AML PDX samples that were established within the first DKTK funding period © AG Jeremias

Kontakt

Prof. Dr. Irmela Jeremias
Helmholtz Zentrum München
Marchioninistr. 25
81377 München
Irmela.Jeremias(at)med.uni-muenchen.de

Radiochemistry Synthesizer // All-In-One // Trasis

Der Synthesizer vereint in einem Instrument einen vollautomatischen Synthesizer inkl. HPLC zur komplexen Produktaufreinigung mit anschließender Reformulierung, welche die Implementierung einfacher und komplexester Radiochemie ermöglicht. Wenn der Bedarf an komplexeren Tracern besteht, kann der Synthesizer auf Grund seiner modularen Bauweise zu einem erweiterten Modell konfiguriert werden.

Das All-In-One Synthesemodul (Fa. TRASIS) in einer Blei-abgeschirmten Synthesezelle (einer sog. „Heisszelle“, Ansicht bei geöffneter Zellentür) in einem Reinraum der Radiopharmazie ©  AG Bartenstein

Das All-In-One Synthesemodul (Fa. TRASIS) in einer Blei-abgeschirmten Synthesezelle (einer sog. „Heisszelle“, Ansicht bei geöffneter Zellentür) in einem Reinraum der Radiopharmazie © AG Bartenstein

Kontakt

Dr. Franz J. Gildehaus
089 4400 69944
franz.gildehaus(at)med.uni-muenchen.de

Prof. Dr. Peter Bartenstein
089 4400 74611
peter.bartenstein(at)med.uni-muenchen.de

Standort Gerät

LMU Klinikum, Campus Großhadern, Radiopharmazie-Centrum, Gebäude BT028, Marchioninistrasse 15, 81377 München

Kosten

Bei dem Synthesemodul ist eine Probe gleichzusetzen mit einem Syntheselauf. Die Kosten dafür sind sehr unterschiedlich, je nachdem wie komplex die durchzuführende chemische Synthese ist, wie teuer die Ausgangskomponenten und wie die GMP-Anforderungen definiert sind. Normalerweise liegen die Kosten/Synthese in einer Größenordnung zwischen 800€ und 2600€.

Service

Produktion von 18F-markierten Verbindungen für die in vivo-Bildgebung mittels PET. Dies umfasst u.a.:
- Radiofluorierung von kleinen Molekülen, Peptiden und Biomolekülen
- Erarbeitung von Markierungsstrategien
- Automatisierung der Radiosynthese
- GMP-gerechte Umsetzung

Cell Imaging Multi-Mode Reader // Cytation 1 // Biotek

Cytation 1 © AG Theurich

Cytation 1 © AG Theurich

Der Cytation™ 1 Cell Imaging Multi-Mode Reader kombiniert Fluoreszenz- und kontrastreiche Hellfeld-Bildgebung mit konventioneller Multimodeerkennung. Dieses Design liefert sowohl quantitative phänotypische zelluläre Informationen als auch quantitative Daten aus dem entsprechenden Medium. Das multimodale Detektionsmodul beinhaltet eine hochempfindliche, filterbasierte Fluoreszenz und ein Monochromatorsystem für die UV-Vis-Absorption. Für Langzeitmessungen ist das Gerät in der Lage, Temperatur, CO2 und O2 zu regeln. Das Gerät ist außerdem mit einem Injektor ausgestattet, der es ermöglicht, sofortige Zellreaktionen zu erfassen. 

Kontakt

Prof. Dr. Sebastian Theurich
Medizinische Klinik III, LMU Klinikum
Marchioninistr. 25, 81377 München
sebastian.theurich(at)med.uni-muenchen.de

Prof. Dr. Michael von Bergwelt
Medizinische Klinik III, LMU Klinikum
Marchioninistr. 25, 81377 München
michael.bergwelt(at)med.uni-muenchen.de

Standort Gerät

Genzentrum LMU
AG Theurich / AG Bergwelt
Feodor-Lynen-Str. 25, 81377 München

Kosten

auf Anfrage

Digital Single Molecule Quantification // nCounter Sprint // NanoString Technologies

Durch die nCounter Technologie ist eine direkte Quantifizierung von bis zu 800 Targets in einer Einzeluntersuchung ohne vorherige Amplifikation möglich. Hier können mRNA, miRNA, lncRNA, dsDNA und ssDNA (pre-designed oder customized; ggf. multiplex) in einer Vielzahl von Proben unterschiedlicher Art (Gewebebiopsien, Blut, Knochenmark, etc.) gemessen werden. Eine Library Preparation oder aufwändiges präanalytisches Processing ist nicht nötig.

nCounter © NanoString Technologies

nCounter © NanoString Technologies

Kontakt

Michael Heide
Medizinische Klinik III, ELLF, LMU Klinikum
michael.heide(at)med.uni-muenchen.de

Prof. Dr. Oliver Weigert
Medizinische Klinik III, ELLF, LMU Klinikum
oliver.weigert(at)med.uni-muenchen.de

Standort Gerät

Experimentelle Leukämie- und Lymphom-Forschung (ELLF)
Max-Lebsche-Platz 30, 81377 München

Service & Kosten

Technischer Support via AG Weigert
Nutzer trägt Kosten der Verbrauchsmaterialien, derzeit keine Gebühren für Gebrauch

Automated Quantitative Pathology Imaging System // Vectra® Polaris™ // Perkin Elmer

Vectra® Polaris™ © AG Jung

Vectra® Polaris™ © AG Jung

Multispektrale Bildgebung (Imaging System) nach dem Stand der Technik zum Erkennen und Messen mehrerer Biomarker innerhalb eines einzelnen Gewebes.

Kontakt

Prof. Dr. Martina Rudelius
martina.rudelius(at)med.uni-muenchen.de
+49-89-2180-73706

Dr. Peter Jung
peter.jung(at)med.uni-muenchen.de
+49-89-2180-73702

Standort des Gerätes

Institut für Pathologie der LMU München, Campus Innenstadt
Thalkirchner Str. 36, 80337 München

Service & Kosten

Ausgangsmaterial: FFPE-Gewebeschnitte gefärbt mit bis zu 6 etablierten Antigenen oder mittels OPAL-Färbung

Kosten: Preis auf Anfrage

Biolumineszenz-Tomograph // MuriGlo // Xstrahl

MuriGlo ist ein optisches in-vivo-Bildgebungssystem zur Biolumineszenz-Tomographie. Es kann als Stand-alone-Bildgebungsmodalität oder in Kombination mit der vorhandenen Conebeam-CT-Plattform zur Darstellung von Lumineszenz-Phänomenen in Kleintieren (v.a. Mäusen) genutzt werden.

MuriGlo © Xstrahl

MuriGlo © Xstrahl

Kontakt

Prof. Dr. Kirsten Lauber
Molekulare Onkologie, Klinik und Poliklinik für Strahlentherapie und Radioonkologie
+49-89-4400-76740
kirsten.lauber(at)med.uni-muenchen.de

Standort des Gerätes

LMU Klinikum, Campus Großhadern
Tierstall der Klinik für Strahlentherapie

Service & Kosten

Ausgangsmaterial: Biolumineszenz-fähige Kleintiermodelle

Service: Biolumineszenz-Tomographie-Untersuchungen (+/- Conebeam-CT-Scans), Hilfestellung bei der Vorbereitung von Tierversuchsanträgen

Kosten: Preis auf Anfrage; eine Probe entspricht einem Biolumineszenz-Tomographie-Scans eines Tieres

Präklinischer CT-Scanner // X-Cube // Molecubes

X-Cube © AG Mayerle, Bartenstein

X-Cube © AG Mayerle, Bartenstein

Der X-Cube ist ein Hochdurchsatz-Röntgen CT-Scanner für präklinische Maus- und Rattenmodelle. Die sehr schnelle CT-Bildgebung erzeugt Bilder des gesamten Tierkörpers bei jedoch geringem Dosis-Einsatz und einem exzellenten Kontrast im Weichgewebe. Erweiterte Arbeitsabläufe mit verstärktem dynamischen Bildkontrast (gated) können so in einem funktionalem und integriertem Aufbau erreicht werden.

Kontakt

Dr. Ivonne Regel
+49-89-4400-73178
ivonne.regel(at)med.uni-muenchen.de

Prof. Dr. Sybille Ziegler
+49-89-4400-77619
sybille.ziegler(at)med.uni-muenchen.de

Standort des Gerätes

LMU Klinikum, Campus Großhadern
Labor für Präklinische Bildgebung

Service & Kosten

Ausgangsmaterial: Kleintiermodelle (Mäuse oder Ratten) mit genehmigten Gesundheitsnachweis

Kosten: Preis auf Anfrage

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